Для кросплатформенного переноса строки в PHP необходимо использовать предопределенную константу PHP_EOL. При использовании данной константы будет автоматически генерироваться символ переноса строки в зависимости от платформы (Windows, Linux и т.д.).

Пример кода:
<?php
$data = "Hello World!!!".PHP_EOL."Hello!!!";
file_put_contents("readme.txt",$data);
?>

Если исполнить данный код, то создастся файл readme.txt со следующим содержанием:

Hello World!!!
Hello!!!